Во время пребывания в Польше и северских городах России Лжедмитрий ни разу не упомянул о своей матери Марии Нагой, заточенной в Горицком Воскресенском женском монастыре под именем инокини Марфы. Теперь ситуация изменилась. Отрепьев знал о ненависти инокини Марфы к Годуновым и поэтому рассчитывал на ее признание.
Самозванец велел разыскать Нагих. Нашли лишь отдаленного родственника Марии Нагой дворянина Семена Ивановича Шапкина, которого с эскортом экстренно направили в Горицкий монастырь.
После беседы с Шапкиным с глазу на глаз инокиня Марфа признала сына. Трудно сейчас установить, что больше повлияло на ее выбор — ненависть к Годуновым или нежелание быть отравленной или утопленной по дороге. В Горицком монастыре хорошо помнили судьбу княгини Ефросиньи Старицкой и великой княгини Юлиании, жены Юрия, родного брата Ивана Грозного.
Присяга на имя вдовы Грозного была рассчитана на эмоции малограмотных людей. Как могла царствовать монахиня, даже если она и была 20 лет назад седьмой женой царя Ивана?
Из текста присяги самозванцу, по сравнению с присягой Годунову, были исключены запреты добывать ведунов и колдунов, портить его «на следу всяким ведовским мечтанием», насылать лихо «ведовством по ветру» и т. д. Подданные только кратко обещали не «испортить» царя и не давать ему «зелье и коренье лихое». Вместо пункта о Симеоне Бекбулатовиче и «воре», называющем себя Димитрием Углицким, в текст присяги вводился новый пункт о «Федьке Годунове». Подданные обещали не подыскивать царство под государями «и с изменники их, с Федькой Борисовым сыном Годуновым и с его матерью и с их родством, и с советники не ссылаться письмом никакими мерами».
Самозванцу было неудобно являться в Москву, пока там находились члены семьи Годуновых. Будь жив царь Борис, Лжедмитрий мог рассчитывать на какие-то политические дивиденды, устроив над ним судилище и приписав ему чудовищные преступления. Однако ни царица, ни царевич не успели совершить ничего ни хорошего, ни плохого, так за что же их казнить?
Однако время поджимало, и самозванцу пришлось пойти на мерзкое с точки зрения морали и глупое в политическом отношении убийство. В Москву была послана специальная карательная комиссия в составе князя В. В. Голицына, члена путивльской «воровской» думы В. М. Мосальского и дьяка Б. Сутупова. Вместе с комиссией в Москву был направлен П. Ф. Басманов.
Прибыв в столицу, комиссия немедленно начала чинить расправу над противниками самозванца. Начали с патриарха Иова. Патриарх в Успенском соборе Кремля готовился к совершению литургии, когда в храм ворвались вооруженные люди. Иова выволокли из алтаря и потащили на Лобное место. Там сторонники самозванца пытались линчевать патриарха за то, то он-де «наияснейшего царевича расстригой называет». Однако из Кремля сбежались попы и церковные служки, которые подняли крик в защиту патриарха. На помощь Иову кинулась и часть горожан. Стало ясно, что убийство патриарха приведет к побоищу с непредсказуемыми последствиями. Тогда кто-то из агентов Отрепьева крикнул: «Богат, богат, богат Иов патриарх, идем и разграбим имения его!» Довод был неотразим, и толпа кинулась грабить патриаршие палаты.
Тем временем агенты Отрепьева отвели Иова обратно в Успенский собор. Туда прибыл вскоре и боярин П. Ф. Басманов. Вооруженные люди в спешке и без особых формальностей произвели низложение патриарха и отправили его в Старицкий Успенский монастырь.
Разобравшись с патриархом, комиссия занялась царем Федором и его семьей. На старое подворье Бориса Годунова, полученное им в приданое от Малюты Скуратова, явились члены комиссии во главе с В. В. Голицыным и отряд стрельцов. Голицын, Мосальский, дворяне Молчанов и Шерефединов и несколько стрельцов вошли внутрь дома. Там раздались отчаянные крики. Через несколько минут на крыльцо вышел Голицын и объявил, что «царица и царевич со страстей испита зелья и пороша, царевна же едва оживе». Естественно, что Голицыну никто их москвичей не поверил. Но утверждать, что народ оцепенел от ужаса, узнав о преступлении, и впал в безмолвствие, нет никаких оснований. История — не драматический театр. Большинство населения восприняло убийство царской семьи как должное или отнеслось к нему безразлично.
Что касается дочери Годунова Ксении, то ее, видимо, недодушили. Князь Мосальский взял ее к себе в дом и некоторое время держал взаперти, а затем отдал самозванцу «для потехи».
Желая угодить самозванцу, московские бояре надругались и над прахом семьи Годуновых. Царь Борис был по обычаю похоронен в Архангельском соборе Кремля рядом с другими московскими правителями. По боярскому приговору тело царя было выкопано, положено в простой гроб и перезахоронено в ограде бедного Варсонафьева монастыря на Сретенке.
Уцелевшие Годуновы, а также их отдаленные родственники Сабуровы и Вельяминовы были по указу самозванца разосланы под стражей по отдаленным городам. Исключение было сделано лишь для недавнего правителя боярина С. М. Годунова. Его отправили в Персяславль-Залесский с приставом князем Ю. Приимковым-Ростовским. Везти боярина в отдаленный город не имело смысла. Пристав получил приказ умертвить его в тюрьме. Вотчины, дома и прочее имущество Годуновых, Сабуровых и Вельяминовых было отобрано в казну.
20 июня 1605 г. по Коломенской дороге в Москву двигалась торжественная процессия. Впереди нее скакали взад и вперед польские гусары в раззолоченных шлемах и кирасах. В Москву возвращался сын Ивана Грозного. Вокруг него ехали московские бояре. Сзади шла польская пехота и русские стрельцы. Торжественно звонил колокол. Московские улицы были забиты людьми, люди облепили крыши домов и колокольни — всем хотелось посмотреть на чудесно спасшегося царевича.
День был солнечный и тихий, но, когда новый царь, переехавший наплывной мост через Московские ворота, вступил на площадь, поднялась сильная буря. Народ заволновался, начал креститься и приговаривать: «Помилуй нас Бог! Помилуй нас Бог!» Духовенство встретило царя на Лобном месте с крестами. Отъехав несколько шагов от Лобного места, Лжедмитрий остановил свою лошадь около церкви Василия Блаженного, снял шапку, взглянул на Кремль, на бесчисленные толпы народа и со слезами стал благодарить Бога, что сподобил его увидеть родную Москву. Народ, видя слезы царя, тоже стал рыдать.
В Кремле по старинному обычаю Лжедмитрий пошел по соборам, слушал молебны. Во время молебнов поляки сидели на лошадях, трубили в трубы и били в бубны, и это не понравилось москвичам.
Вопреки легендам; никаких речей при встрече Лжедмитрия сказано не было. Лишь в Архангельском соборе Отрепьев собрался с духом и сказал несколько слов, которых от него все ждали. Обливаясь слезами, Лжедмитрий припал к гробу Ивана Грозного и громко объявил, что «отец его — царь Иоанн, а брат его — царь Федор».
Обойдя соборы, Лжедмитрий направился в тронный зал и торжественно уселся на царский престол. Польские роты стояли строем с развернутыми знаменами под окнами дворца.
Новому царю потребовался и новый патриарх. Царь Димитрий постановил собрать Священный собор. Патриархом же был единогласно избран рязанский архиепископ Игнатий, грек, бывший раньше архиепископом на Кипре и пришедший в Россию в царствование Федора Иоанновича. Игнатий был первым русским иерархом, признавшим самозванца. Игнатий был также единственным архиепископом, прибывшим в Тулу встречать «истинного царя». 24 июня Игнатия возвели в патриархи. Обратим внимание на даты. Царь повелел собрать собор 21 июня, а через три дня патриарх был избран. Надо ли говорить, что этот «собор» представлял не Русскую православную церковь, а иерархов Москвы и ее окрестностей.