Сторожевые корабли «Красный Кавказ» и «Скорый» нуждались в капитальном ремонте и восстановлении.
После многолетнего капремонта еще не вошел в строй и модернизированный СКР «Сметливый», сданный Севморзаводом с недоделками.
Модернизация БПК «Сметливый» завершилась в 1995 г. Вместо кормовой артиллерийской установки и вертолетной площадки был установлен комплекс неакустического обнаружения подводных лодок МНК-300 с 300-метровой буксируемой антенной, воспринимающей тепловой, радиационный и шумовой сигнал подводной лодки, в районе ходовой рубки размещены постановщики помех ПК-10 и ПК-16, добавлено несколько новых РЛС и система управления ПКРК, 5 x 533 мм торпедные аппараты заменены на 7 x 406 мм. В 2002 г. на месте двух РБУ-1000 установили 8 направляющих для контейнеров противокорабельных ракет «Уран». Полное водоизмещение корабля достигло 4900 т.
Следует заметить, что ракеты Х-35 комплекса «Уран» на Черноморский флот так и не были поставлены, по крайней мере, на май 2014 г. Поэтому уже 12 лет «Сметливый» пугает супостата пустыми трубами.
В настоящее время «Сметливый» активно используется в боевых службах Черноморского флота. В 2003 г. он в составе группы кораблей Черноморского флота участвовал в совместных океанских учениях в Индийском океане совместно с Тихоокеанским флотом и с ВМС Индии. В 2006 г. проходил плановый ремонт в Новороссийске. С 30 октября по 19 ноября 2011 г. корабль принимал участие в российско-итальянских военно-морских учениях «Иониекс-2011» в Средиземном море. 8 февраля 2014 г. СКР «Сметливый» вернулся в Севастополь из Средиземного моря.
В результате всего вышеперечисленного реально 30-я дивизия располагала только одним ракетным крейсером «Адмирал Головко», находящимся в строю уже более тридцати лет, БПК «Керчь» (пр. 1134Б), сторожевыми кораблями «Сдержанный» (пр. 61М), «Сметливый» (пр. 61), «Ладный» (пр. 1135) и «Пытливый» (пр. 1135М).
За пять лет дивизия потеряла более полутора десятков крупных надводных кораблей и превратилась, по существу, в набор из шести плавсредств для участия в празднествах, парадах и визитах.
За прошедшие с развала Союза пять лет практически прекратила свое существование и знаменитая на флоте 63-я бригада ремонтирующихся, экспортных и модернизирующихся кораблей (БРЭМК). Лишь законсервированный крейсер «Михаил Кутузов» (пр. 68А) еще стоял у причала Троицкой бухты в Севастополе. Только благодаря титаническим усилиям ветеранов корабля и эскадры его не постигла печальная участь продажи на слом. Зато однотипный крейсер «Адмирал Ушаков» и крейсер управления КРУ-101 (бывший «Жданов» пр. 68-У-1), прошедшие капремонт и модернизацию, были необоснованно проданы в Индию на слом.
«Адмирал Ушаков» был исключен из состава флота 16 сентября 1987 г., и в 1992 г. продан частной фирме Индии для разделки на металл.
10 мая 1990 г. КРУ-101 исключен из состава ВМФ, приказом командующего КЧФ адмирала И. Касатонова за № 0163. После чего началось разоружение, демонтаж техники и оборудования. 24 октября 1990 г. состоялся спуск военно-морского флага КРУ-101. Экипаж крейсера полностью расформирован. Корабль продан частной зарубежной фирме на металлолом. 27–30 ноября 1991 г. буксир «Шахтер» увел корабль в порт Аланг (Индия).
БПК «Способный» (пр. 61МТ), завершивший на 70% свою модернизацию, был сдан на слом из-за отсутствия финансирования. Продали на слом и ПКЗ-36 (бывший эсминец «Беспощадный» пр. 30-бис).
После распада СССР была ликвидирована и 181-я бригада строящихся, ремонтирующихся, экспортных и модернизируемых кораблей (БР СРЭМК). И если авианесущий крейсер «Тбилиси» (в апреле 1990 г. переименован в «Адмирал Флота Советского Союза Кузнецов», пр. 1143.5), ракетный крейсер «Червона Украина» (пр. 1164) и спасательное судно «Алагез» (пр. 537) удалось перевести на другие флоты бывшего СССР, то достройка РКР «Адмирал флота Лобов» затянулась на многие годы и так и не была завершена. За эти годы на корабль неоднократно претендовала Украина, сформировавшая для крейсера экипаж и переименовывавшая корабль то в «Галичину», то в «Украину». БПК «Николаев» и «Ташкент» (пр. 1134Б) завершить ремонт и модернизацию не смогли и были проданы на слом. Недостроенный корпус нового спасателя подводных лодок «Аю-Даг» был также продан Турции на металл. Удалось достроить и передать на другие флоты России только три малых противолодочных корабля: МПК-82, МПК-85 и МПК-214 (пр. 1124ЭМ), а также плавмастерскую ПМ-12 (пр. 2020).
Черноморский «москитный» флот представляла 41-я бригада ракетных катеров со штабом в Севастополе. В составе бригады на начало 1990 г. числились около 30 ракетных катеров различных типов, сведенных в четыре дивизиона, одно звено обеспечения и две плавбазы.
В составе 166-го Новороссийского Краснознаменного дивизиона малых ракетных кораблей числились: МРК-5 класса «Саранча» (пр. 1240), МРК-27 и МРК-17 класса «Дергач» (пр. 1239), МРК «Комсомолец Мордовии» (бывший «Зыбь») и «Мираж» (пр. 1234.1), МРК «Буря» и «Зарница» (пр. 1234 «Овод»), находившиеся на консервации в Карантинной бухте Севастополя и нуждавшиеся в восстановительном ремонте. Первой потерей 166-го дивизиона стал МРК-5, являвшийся одним из наиболее удачных ракетных кораблей на подводных крыльях. В 1990 г. он неожиданно был списан на слом и разобран, причем четких причин списания нового корабля автору найти не удалось. В том же году в Инкермане разобрали и МРК «Буря», являвшийся головным кораблем проекта. Распад СССР привел к переименованию «Комсомольца Мордовии» в «Штиль», МРК-27 — в «Бору», а МРК-17 — в «Самум». Неопределенность судьбы флота заставила перевести «Самум» на Балтику, а «Бора» долго не могла войти в боевой состав флота. Конструкторские просчеты и перегруз привели к многочисленным трещинам в корпусе этого катамарана. Хрупкость и коррозия алюминиево-магниевого сплава, из которого изготовлен корпус «Боры», привели к закономерному результату: строительство подобных МРК прекращено.
Меньше других пострадал 349-й дивизион ракетных катеров, потерявший в 1992 г. МРК «Гроза» (пр. 1234), который был сдан на слом и разобран в Инкермане. Оставшиеся в составе дивизиона МРК «Гром» (пр. 1234) и ракетные катера «Краснодарский комсомолец» (он же Р-54 пр. 1241.1), «Куйбышевский комсомолец» (он же Р-63 пр. 1241.1) и Р-71 (пр. 1241.7) дополнили ракетным катером на подводных крыльях Р-44 (пр. 206.6) с опытовой установкой ракет «Уран» и артиллерийского комплекса «Рой». К осени 1996 г. пришлось списать и МРК «Гром», корпус которого оказался уже слишком прогнившим.
295-й Сулинский Краснознаменный дивизион ракетных катеров отделался за эти годы потерей двух катеров. Р-46 (пр. 1241.1М) был переведен на Балтику для ремонта и там списан на слом в 1995 г. Вторым оказался ракетный катер Р-160 (бывший «Полтавский комсомолец» пр. 1241.1), переданный Каспийской флотилии. К концу 1996 г. в составе дивизиона числились четыре катера: Р-60, Р-109, Р-239, Р-334 (все пр. 1241.1М), вооруженные крылатыми ракетами «Москит» и представляющие собой вполне реальную силу. Но и эти катера сильно страдали от некомплекта экипажа, достигающего 60% численности личного состава по штату.
Прекратил в декабре 1995 г. свое существование 296-й дивизион ракетных катеров, базирующийся на поселок Черноморское. Ракетные катера Р-59 и Р-84 (оба пр. 205), Р-161 (пр. 205М) были списаны на слом к 1993 г. Ракетный катер на подводных крыльях Р-15 перешел в Севастополь, а четыре однотипных катера проекта 206МР: Р-251; Р-260: Р-262; Р-265 (быв. «Комсомолец Татарии») были переданы Черноморским флотом украинской стороне. Акт приемки катеров, получивших наименования «Цюрупинськ», «Умань», «Прилуки» и «Каховка» (соответственно), был подписан 30 декабря 1995 г., и уже 10 января 1996 г. над катерами взметнулся украинский флаг.