На посту полпреда его сменила Валентина Ивановна Матвиенко. Когда она в конце марта 2003 года встречалась с губернаторами своего региона, губернатор Новгородской области Михаил Прусак сказал:
— Мы давно знаем Валентину Ивановну и рады ее назначению. Очень хорошо, что из нашего округа ушел солдафон — и вместе с ним поголовный контроль.
Вскоре Валентина Ивановна стала губернатором Санкт-Петербурга. Она говорила журналистам о Путине:
— Владимира Владимировича я знаю много лет и могу сказать с уверенностью — его не испортила власть. Он всегда был очень доступным, демократичным, очень простым в общении человеком. Таким и остался. Я всегда с ним откровенна, не боюсь говорить правду и в общении с ним чувствую себя очень комфортно. Он умеет слушать и слышать…
А Виктор Черкесов на новом посту уверенно вступил в опасную игру. Аппарат Госнаркоконтроля помогал следователям: говоря профессиональным языком, вел оперативное сопровождение дела «Трех китов». Это столкнуло Черкесова с его бывшими коллегами по ведомству госбезопасности. И в конкуренции с другими силовиками он явно стал проигрывать.
Личное покровительство Путина и помощь Черкесова не помогли следствию. В 2007 году Владимира Лоскутова вернули в Петербург. Два других следователя сами оказались под следствием. А Черкесову ответили тем, что возбудили дело против его подчиненного — генерал-лейтенанта полиции Александра Арсеньевича Бульбова, начальника департамента оперативного обеспечения Федеральной службы по контролю за оборотом наркотиков. Задержали также бывшего (он уже ушел на пенсию) заместителя начальника службы безопасности Госнаркоконтроля Юрия Гевала и двух старших оперативных уполномоченных — Сергея Донченко и Григория Черевко.
Генерала Бульбова 2 октября 2007 года взяли прямо на трапе самолета в аэропорту «Домодедово». Следственный комитет при прокуратуре обвинил генерала в незаконном прослушивании телефонов, взятках и злоупотреблении полномочиями. По данным следствия, Бульбов контролировал деятельность частных охранных предприятий. Полученными от них деньгами — за организацию незаконных действий — делился с заместителем начальника управления специальных технических мероприятий ГУВД Москвы Михаилом Яныкиным, тоже арестованным.
Руководство Госнаркоконтроля просило выпустить Бульбова под личное поручительство, однако его держали в предварительном заключении два с половиной года. Но Генеральная прокуратура отказалась утверждать обвинительное заключение. Бульбов заявил в зале суда, что его арест — месть ФСБ за его участие в расследовании контрабандных дел.
В «Известиях» появился подробный рассказ об имуществе арестованного генерала. Список недвижимости семьи Бульбовых впечатлял — квартиры и дома в Москве и Подмосковье, а также туристический комплекс, гостевой дом, кафе на знаменитой Куршской косе. Напрашивался вопрос: откуда деньги?
Выпускник академии Федеральной службы контрразведки Александр Бульбов осенью 1993 года служил заместителем начальника отдела в военно-строительном управлении Министерства обороны. В октябре он арестован в Белом доме — по обвинению в участии в массовых беспорядках. Но его амнистировали вместе со всеми участниками событий той осени. Продолжить службу он не захотел, уволился и ушел в бизнес. Как и генерал Юрий Заостровцев, основал несколько частных охранных фирм. Бизнес, надо понимать, оказался успешным и позволил обзавестись дорогостоящей недвижимостью. В 2000 году Бульбова взял к себе в аппарат Черкесов, в ту пору полпред президента. Потом перевел в Госнаркоконтроль.
После ареста Бульбова вечером 8 октября 2007 года президент Путин неожиданно приехал в Федеральную службу безопасности. Все восприняли это как поддержку Патрушева. А 9 октября газета «Коммерсант» поместила большую статью Черкесова о междоусобной войне спецслужб под названием «Нельзя допустить, чтобы воины превратились в торговцев».
Виктор Черкесов напомнил, что его подчиненные, которых арестовали, по поручению Генеральной прокуратуры участвовали в расследовании дел о «Трех китах» и контрабанде китайского трикотажа. Выходит, они виновны в том, что исполняли свой долг?
Черкесов обещал: «Честные люди, наши товарищи по оружию, попавшие в беду, должны быть уверены, что мы их будем отстаивать до конца».
Черкесов напомнил, что именно чекисты удержали страну «от окончательного падения, и в этом историческая заслуга президента Путина», поэтому так опасно критиковать «чекистский крюк», на котором держится страна. Но в чекистской корпорации, призывал Черкесов, должны соблюдаться определенные законы: «Те, кто обнаруживает, что его подлинное призвание — это бизнес, должны уйти в другую среду. Не пытаться оставаться одновременно и торговцем, и воином. Так не бывает. Либо — либо».
Иначе говоря, один из самых информированных людей в стране открыто обвинил своих коллег по спецслужбам в незаконной коммерческой деятельности, в «крышевании» бизнеса, в использовании своего положения для зарабатывания больших денег. Война силовых ведомств из-за «Трех китов» открыла общественности то, что многие и так подозревали, но не имели доказательств. Слова генерала Черкесова — более чем авторитетное свидетельство.
Поначалу бизнесмены с радостью нанимали бывших силовиков, надеясь на их связи, или напрямую обращались к действующим офицерам различных ведомств, чтобы одолеть конкурентов — различными способами, включая заведение уголовных дел. Со временем стало ясно, что без людей, принадлежащих к корпорации спецслужб, дела вообще не делаются. В мире бизнеса возник страх, что в любую минуту люди в погонах заберут успешный и процветающий бизнес. А предприниматели в погонах стали процветать и получать прекрасный доход.
Широкой публике осталось неизвестным, что заставило опытного Виктора Черкесова вынести спор с коллегами-чекистами на всеобщее обозрение. Отчаяние? Он утратил доступ к первому человеку в стране и попытался хотя бы таким образом привлечь его внимание к сложной ситуации, в которую попал? Теперь все зависело от реакции Путина. Корреспондент «Коммерсанта» прямо спросил президента, что он думает о статье генерала Черкесова?
Владимир Владимирович явно был недоволен:
— Я бы на месте людей, которые защищают честь мундира, не стал обвинять в ответ всех подряд, особенно через средства массовой информации. Выносить такого рода проблемы в средства массовой информации считаю некорректным. Если кто-то действует таким образом, предъявляет такого рода претензии о войне спецслужб, сам сначала должен быть безупречным.
Стало ясно, что Виктор Васильевич Черкесов не нашел понимания у президента.
И Черкесов, и Патрушев покинули свои посты сразу после избрания президента Медведева. Считается, что одновременная отставка Черкесова и Патрушева подвела черту под войной спецслужб. Разница состоит в том, что Патрушев занял заметный пост секретаря Совета безопасности. Черкесову же подобрали заведомо обреченное дело — поручили возглавить новое Федеральное агентство по поставкам вооружений, военной и спецтехники (Рособоронпоставка). Это агентство так и не заработало, а в 2010 году его статус понизили и переподчинили более удачливому чиновнику — министру обороны Анатолию Эдуардовичу Сердюкову. Черкесов потерял должность руководителя агентства в июне 2010 года.