Однако командующий 51–й армией не сумел правильно оценить обстановку и разбросал свои силы по всему полуострову. 3 стрелковые и 2 кавалерийские дивизии он держал на охране побережья, 2 стрелковые и 1 кавалерийскую дивизии — в резерве. Для обороны перешейков были развернуты: на ишуньских позициях в одном эшелоне 4 стрелковые дивизии и на Чонгарском полуострове — 1 стрелковая дивизия. Две дивизии Приморской армии находились на марше из Севастополя к перешейкам и могли туда прибыть не ранее 23 октября.
Противник, перейдя 18 октября в наступление на ишуньские позиции, главный удар наносил двумя дивизиями на узком участке между железной дорогой и берегом Черного моря. 20 октября ему удалось прорвать ишуньские укрепления. Вместо организации контратак во фланг прорвавшемуся противнику командующий 51–й армией стремился закрыть образовавшийся прорыв и только 23 октября предпринял контратаку в лоб силами подошедших 25–й и 95–й стрелковых дивизий Приморской армии. Этой контратакой удалось задержать наступление немецких войск до 25 октября. Но с потерей удобных для обороны ишуньских позиций наши войска оказались в невыгодном положении на позициях, почти не подготовленных к обороне.
Для объединения действий войск 51–й и Приморской Отдельных армий и Черноморского флота по обороне Крыма по указанию Ставки Верховного Главнокомандования было создано командование войсками Крыма. Командующим был назначен вице-адмирал Г. И. Левченко, заместителем по сухопутным войскам — генерал — лейтенант П. И. Батов.
26 октября с подходом XXX армейского корпуса немецкие войска возобновили наступление. К этому времени все резервы обороны были израсходованы, и 28 октября противнику удалось прорвать фронт наших войск. Дивизии Приморской армии начали отходить на юг, а 276, 106, 271 и 156–я стрелковые дивизии 51–й армии, против которых наступали 5 немецких дивизий, медленно отходили в направлении на Джанкой. Не имея в составе армии подвижных частей, Э. фон Манштейн 29 октября для развития успеха создал импровизированную моторизованную группу под командованием полковника Циглера. В состав группы вошли моторизованные подразделения пехотных дивизий 11 армии — разведывательные батальоны, зенитные и противотанковые дивизионы. Это было достаточно характерным для немцев ходом, их пехотные дивизии неоднократно использовали разведывательные батальоны на бронеавтомобилях в качестве моторизованных боевых групп для захвата важных в тактическом плане объектов.
Командующий войсками Крыма 29 октября решил отвести войска Приморской и 51–й армий на слабо подготовленный тыловой оборонительный рубеж, проходивший по линии Советский — Ново — Царицыно — Саки, и закрепиться на нем. Это решение осуществить не удалось, так как 31 октября подвижный отряд противника вышел к станции Альма, а вслед за ним выдвинулись и дивизии LIV армейского корпуса.
Чтобы не допустить прорыва немецких войск к Севастополю, гарнизон которого в это время был очень слаб, было решено войска Приморской армии отвести к Севастополю, а 51–й армией прикрыть керченское направление. Вследствие того, что дороги из района Симферополя на Севастополь были уже перехвачены противником, действовавшим в степной части Крыма, войскам Приморской армии пришлось отходить через горы на Алушту и Ялту и уже отсюда по Приморскому шоссе двигаться на Севастополь.
Отход проходил в трудных условиях; наши войска вели непрерывные бои с наседавшим на них XXX армейским корпусом противника, который от Джанкоя был повернут на юг. 6 ноября передовые части Приморской армии вышли к Севастополю как раз в тот момент, когда гарнизон города, состоявший главным образом из морской пехоты, отражал на передовом рубеже атаки LIV армейского корпуса, стремившегося прорваться к городу с востока по кратчайшему направлению. Подход войск Приморской армии дал возможность отразить наступление врага.
В то время, когда войска Приморской армии отходили к Севастополю, 51–я армия, в командование войсками которой с 30 октября вступил генерал-лейтенант П. И. Батов, отводилась для обороны Керченского полуострова. 4 ноября приказом командующего войсками Крыма на базе 51–й армии был создан Керченский оборонительный район, в состав которого вошли все соединения и части 51–й армии и Керченская военно-морская база.
Несмотря на удобную для обороны местность и достаточные силы (7 стрелковых дивизий), командование оборонительного района не сумело организовать оборону Керченского полуострова и приостановить наступление противника. 16 ноября последние части 51–й армии были эвакуированы на Таманский полуостров. Нельзя сказать, что этот результат легко достался немецкой стороне. Вот как эти события описаны в истории 170 пехотной дивизии:
«3 ноября полки 391 и 401 заняли Феодосию. В 15 часов 391 полк установил боевой флаг рейха на осветительной башне порта. Уже на следующий день дивизии удалось прорваться на Керченский перешеек, через который по всей его ширине располагались противотанковые рвы. Препятствие состояло из проволочных заграждений глубиной до 10 метров, противотанковых рвов и полевых укреплений, усиленных на участке дивизии 15 бетонными бункерами, 51 позициями снайперов и 19 деревянными бункерами. Глубина всего укрепления составляла примерно 8 километров. 401 пехотный полк сумел преодолеть рвы 5 ноября силами двух батальонов. За ними последовали другие батальоны дивизии. Собственные потери в этих боях были очень большие. Среди погибших были командир 401 полка подполковник Тило и его адъютант, старший лейтенант фон Протт. Оба умерли одновременно после тяжелого ранения на главном перевязочном пункте дивизии. В 391 полку пятью ротами, насчитывающими всего 35–40 бойцов, командовали унтер-офицеры. Установились сильные дожди. Дороги размыло. Несмотря на это, полки достигли установленных на этот день целей. Лишь тяжелое подразделение 240 артиллерийского полка на полностью размытых дорогах не смогло продолжить марш. На татарском валу противник стянул значительные силы, которые обнаружили намерение остановить продвижение к Керчи здесь — на оборонительном укреплении, созданном крымскими татарами в средние века. Сопротивление пехотных подразделений было прорвано при первой атаке. Однако воздействие артиллерии противника оставалось существенным. Русские эскадрильи бомбардировщиков нанесли дивизии, несмотря на защиту истребителей, большие потери. Продвижение продолжилось при сильных дождях дальше, через глубоко изрезанные, глинистые участки, которые были преодолены только с использованием всех имеющихся сил. Местность была пронизана минными полями, которые подрывались электрическим зажиганием. Пехотные подразделения то и дело натыкались в теснинах на сильно укрепленные очаги сопротивления. При взятии одного из таких очагов погиб капитан Векинг, командир батальона 399 пехотного полка. 2–му батальону 399 полка под командованием погибшего позднее капитана Боссе удалось смелым броском завладеть фортом Камыш — Бурун. Большое количество пленных, невероятное количество боеприпасов береговой артиллерии русского Черноморского флота, авиационные бомбы, мины и военное имущество в целости и сохранности перешли в руки немцев. 240 артиллерийскому полку был подчинен 2–й батальон 64 дивизии противовоздушной обороны с тремя орудиями, которые были развернуты на форте и вместе с 5 дивизионом 240 артиллерийского полка эффективно препятствовали движению кораблей в порту Керчи. Пехота начала зачищать Керчь, при этом у нее была также задача уничтожения остававшихся в теснинах и продолжающих вести огонь очагов сопротивления. 16 ноября были зачищены город и порт Керчь. На следующий день в оперативный отдел дивизии пришло такое письмо: