К моменту утверждения плана высадки в Крыму оборонявшей полуостров 11–й армии Э. фон Манштейна противостояла располагавшаяся на Таманском полуострове часть сил Закавказского фронта Д. Т. Козлова — 51–я и 44–я армии. Разумеется, из поспешно покинувших Керченский полуостров войск в группировку для сравнительно крупной десантной операции 51–я и 44–я армии превратились не по мановению волшебной палочки. Как и на других участках фронта, усиление армий для активных действий произошло за счет свежесформированных соединений.
В состав 51–й армии генерал–лейтенанта В. Н. Львова входили 224, 302, 390–я и 396–я стрелковые дивизии, 12–я стрелковая бригада, 83–я бригада морской пехоты. Последние четыре соединения относились к птенцам «перманентной мобилизации» образца осени 1941 г. В состав 44–й армии генерал–майора А. Н. Первушина входили 157, 236, 345 и 404–я стрелковые дивизии, 9–я и 63–я горнострелковые дивизии, 74–я бригада морской пехоты. Из их числа 345–я и 404–я дивизии и 74–я бригада были сформированы осенью 1941 г. В резерве командующего войсками Закавказского фронта на Таманском полуострове находились 156, 398 и 400–я стрелковые дивизии, 72–я кавалерийская дивизия. Три последних соединения относились к формированиям осени 1941 г.
Военно–воздушные силы Закавказского фронта и армий, действовавших на Таманском полуострове, по состоянию на 20 декабря в общей сложности насчитывали около 500 самолетов (без учета истребительной авиации ПВО), авиация Черноморского флота располагала примерно 200 самолетами.
Окончательный вариант плана десантной операции с учетом требований флота был подготовлен к 13 декабря 1941 г. Высадку десантов было намечено осуществить одновременно, на широком 250–километровом фронте побережья Керченского полуострова, что должно было рассредоточить внимание и усилия оборонявшихся войск противника. Главный удар намечалось нанести на феодосийском направлении силами 44–й армии во взаимодействии с Черноморским флотом. Второй удар должна была нанести 51–я армия во взаимодействии с Азовской военной флотилией на керченском направлении. Подготовку операции приказывалось закончить к 19 декабря. Начать высадку предполагалось 21 декабря.
Подготовка операции была прервана обострением обстановки в районе Севастополя. Для парирования кризиса потребовалось перебросить в город 20 и 21 декабря 345–ю стрелковую дивизию и 79–ю бригаду морской пехоты, первоначально предназначавшихся для высадки в Феодосии. Переброска войск также отвлекла боевые и транспортные корабли, привлекавшиеся для десантной операции. День начала высадки в Крыму был сдвинут на 26 декабря.
В окончательном варианте плана операции 51–й армии 26 декабря предстояло высадить десанты севернее и южнее Керчи, овладеть городом и портом, затем наступать на Турецкий вал и Владиславовку. Высадку войск армии осуществляла Азовская военная флотилия и Керченская военно–морская база (эвакуированная в Тамань, но сохранившая старое название). 29 декабря к 51–й армии должна была присоединиться 44–я армия. Она должна была основными силами высадиться в районе Феодосии, захватить и прочно оборонять город и Ак–Монайский перешеек, а частью сил наступать в восточном направлении на Марфовку с задачей во взаимодействии с войсками 51–й армии уничтожить группировку противника на Керченском полуострове.
Наиболее сложной и удаленной от базы флота целью была Феодосия. Для захвата Феодосийского порта были выделены подразделения морской пехоты, высадку которых планировалось осуществить только с боевых кораблей. Высадка должна была начаться после короткого, но мощного огневого налета корабельной артиллерии.
Перегруппировка и сосредоточение войск 51–й и 44–й армий начались еще до утверждения плана директивой Ставки ВГК и проводились в период с 3 по 25 декабря. Они были связаны с большими трудностями вследствие чрезвычайно плохого состояния дорог. К 25 декабря все части армий в основном были сосредоточены в районах погрузки: войска 51–й армии — в районах Темрюк, Кучугуры и Тамань, а войска 44–й армии — в районах Анапа, Новороссийск и Туапсе. Транспортной авиации для высадки воздушного десанта во Владиславовке Закавказский фронт к началу операции не получил.
Как типичный флот второстепенной морской державы, советский ВМФ не располагал десантными кораблями специальной постройки. Осуществление высадки морского десанта в связи с этим пришлось организовать импровизированными средствами. Была проведена мобилизация местных плавсредств, которые пришлось приспосабливать для посадки и высадки десанта (изготавливать сходни, лестницы, лодки, плоты и т. п.). Всего за период с 3 по 25 декабря было приспособлено до 300 различных рыболовецких судов, барж, баркасов и шлюпок. Ничего другого ожидать не приходилось. Сроки подготовки и масштабы проводившейся Черноморским флотом и Закавказским фронтом операции разительно отличались от, например, планирования англичанами рейда на Дьепп в 1942 г. Примерно в том же торопливом духе немцы готовились высаживаться в Англии в ходе впоследствии отмененной операции «Зеелеве».
Поводов для сдвигания даты начала операции с 26 декабря на более поздний срок уже не возникало. В ночь на 25 декабря 1941 г. была произведена посадка войск 224–й стрелковой дивизии и 83–й стрелковой бригады 51–й армии в Темрюке и Кучугурах. Во второй половине дня 25 декабря десантные отряды, получившие номера с первого по пятый, начали движение по заданным курсам с расчетом прибыть в назначенные районы высадки за два часа до рассвета 26 декабря. Удачной была только высадка 4–го отряда в районе мыса Хрони. К 13 часам 26 декабря высадка отряда полностью была завершена, и войска закрепились на захваченном плацдарме. Остальные отряды большей частью вернулись в Темрюк. Предпринятые 27 и 29 декабря попытки продолжать высадку вследствие сильного шторма на море и упорного сопротивления противника оказались безрезультатными. Дальнейшая высадка войск 51–й армии со стороны Азовского моря стала возможной и фактически начала проводиться лишь с 30 декабря. Всего с 26 по 31 декабря Азовская военная флотилия высадила более 6000 человек и перебросила 9 танков, 10 орудий (37—, 76–мм калибра), 28 минометов и 204 тонны боеприпасов. Керченская военно–морская база начала высадку частей 51–й армии в районе Камыш–Бурун 26 декабря.
27 декабря высадка не производилась вследствие сильного шторма (7—8 баллов). Возобновлена высадка была на следующий день, 28 декабря, и продолжалась до 30 декабря. Всего с 26 по 29 декабря в районе Камыш–Бурун из состава 302–й стрелковой дивизии было высажено более 11 200 человек и выгружено 47 орудий, 229 пулеметов, 198 минометов, 12 автомашин, 210 лошадей.
Когда адмирал Ф. С. Октябрьский предлагал высаживаться в Феодосии, он знал, о чем говорил. Первые десанты на побережье Керченского полуострова встречали упорное сопротивление немцев. Качественное изменение ситуации в пользу советских войск произошло только после захвата Феодосии в глубоком тылу оборонявшей полуостров на этом направлении 46–й пехотной дивизии.
Для высадки в Феодосии Черноморским флотом была создана так называемая корабельная группа «А». Из боевых кораблей в ее состав вошли крейсера «Красный Кавказ» и «Красный Крым», эскадренные миноносцы «Незаможник», «Шаумян» и «Железняков». Все три эсминца были «новинками» дореволюционной постройки. Кроме этого, в состав группы «А» вошли два отряда транспортов, 7 и 8 кораблей соответственно.