Как содействие агентов папы Пия VI попытке побега короля Людовика XVI и его семьи, так и постоянные выступления членов Революционного Совета, которые в своих речах ставили священников и аристократов на одну доску, привели к тому, что в сентябре 1792 года над головами духовных лиц разразилась гроза. Более двухсот священников были перебиты, тысячи священников вынуждены были бежать, а те, кто решил остаться во Франции, вынуждены были перейти на нелегальное положение.
Среди тех, кто решил остаться, одной из самых значительных фигур был аббат Саломон. Он ежедневно обходил улицы, площади, рынки и таверны Парижа и собирал сведения для руководства Священного Альянса в Риме. «Ухо Пия» — под этим именем Саломона знали в Ватикане, — установил связь с большим числом епископов и священнослужителей в провинциях.
Саломон сумел перехитрить пристально наблюдавших за ним как за лицом духовного звания шпиков и создать надежные каналы связи с Римом. Благодаря разоблачению, аресту и осуждению на заключение в тюрьму он избежал знаменитой сентябрьской резни 1792 года
[37].
Очутившись в декабре 1798 года на свободе, священник вернулся к своей работе в папской шпионской службе и начал восстанавливать агентурную сеть, которая с момента его ареста пребывала в бездействии
[38]. Другие источники утверждают, что Саломон, успевший накопить огромный опыт разведывательной работы, был возвращен папой Пием VI в Рим, чтобы принять на себя руководство секретной службой Святого престола.
В папских областях велась широкая кампания по представлению лидеров революции исчадиями сатаны, а самой Революции — великим заговором против католической церкви. Кампания имела целью воззвать к священной войне против Франции в защиту религии. Но, как бы то ни было, пропаганда не смогла остановить неумолимое продвижение французских войск. Главнокомандующий французской армией Наполеон Бонапарт заставил папу Пия VI подписать 23 июня 1796 года в Болонье унизительный договор о перемирии. По этому договору понтифик должен был отказаться от Феррары, Болоньи и Альконы и, кроме того, выплатить двадцать один миллион эскудо и передать пять сотен манускриптов и сотню произведений искусства времен Возрождения в качестве контрибуции.
Тогда Пий VI обратился с просьбой о защите к Австрии. Наполеон счел это нарушением Болонского договора и приказал своим войскам оккупировать папские области. В качестве альтернативы француз потребовал от папы, после подписания Толентинского мира, полного отказа от Авиньона и графства Венессен, закрытия миссий в Болонье, Ферраре и Романье, выплаты дополнительно еще сорока шести миллионов эскудо и многочисленных произведений искусства.
Ситуация стала просто трагической после того, как агенты Священного Альянса или люди, принадлежащие к «Черному Ордену», решили убрать генерала Матурена-Леонарда Дюфо. Генерал был одним из доверенных лиц Наполеона Бонапарта и одним из лучших его стратегов. Он участвовал с Альпийской армией в Савойской кампании, пока не был демобилизован 13 июня 1795 года. Но 9 февраля 1796 года Дюфо вновь был призван на военную службу и послан в Италию, где принимал участие в Мантуанской, Риволийской и Фаворитской кампаниях. Сам Наполеон 30 марта 1797 года произвел этого человека в генералы и направил в Рим в качестве одного из сопровождающих своего брата, Жозефа Бонапарта, назначенного послом в Ватикан.
28 декабря 1797 года народ, требовавший провозглашения республики, собрался около французского посольства. В какой-то момент отряд папской гвардии начал теснить толпу назад. Многие нашли убежище в самом здании посольства.
Генерал Дюфо, который старался восстановить спокойствие, получил удар ножом в бок, причем лица человека, нанесшего этот удар, никто не видел. Генерал потерял много крови и вскоре скончался. Французские солдаты, сумевшие вместе с папскими гвардейцами выпроводить пробравшихся в посольство людей, нашли на земле рядом с телом генерала кусочек ткани в форме восьмиугольника, на каждой стороне которого было написано имя Иисуса, а в центре — девиз «Готов к мукам и терзаньям во имя Божье» и символ так называемого «Круга Октагон».
Наполеон приказал генералу Бертье, главнокомандующему армиями в Италии, в наказание за убийство генерала Дюфо бросить свои войска на Рим и занять город.
15 февраля 1798 года армия Наполеона оккупирует Рим. 7 марта папа как светский правитель отстраняется от власти и провозглашается создание Римской Республики. Немедленно первые отряды французов подходят к Квиринальскому дворцу и обнаруживают, что швейцарская гвардия расступается перед ними: Пий VI приказал своим людям разоружиться и не вступать в бой с французами. Папа был взят под стражу, а его архивы конфискованы и переправлены во Францию.
С этого момента Священный Альянс перестал действовать на всей территории Италии. Зато имели место многочисленные покушения на французских оккупантов, организованные и реализованные членами «Круга Октагон» и «Черного Ордена».
Осужденный на изгнание папа был вынужден 20 февраля 1798 года покинуть Рим. После недолгого пребывания в Сиене папа был заключен в картезианский монастырь во Флоренции, где, однако, продолжал заниматься делами церкви. 13 ноября того же года понтифик продиктовал буллу Quum nos, в которой оговаривал распределение должностей и обязанностей в случае, если трон святого Петра опустеет, и нормы, которые следовало соблюдать будущему конклаву.
В марте 1799 года папу перевезли в Парму, затем, после попытки его освобождения агентами Священного Альянса, в Турин. В конце того же года из опасения, что его агенты сумеют-таки при содействии австрийцев освободить его, больной понтифик в возрасте восьмидесяти одного года был в портшезе переправлен через Альпы в Бриньон. Завершилось путешествие понтифика 13 июля 1799 года во французском городе Балансе, где он и оставался в заточении до самой своей смерти 29 августа 1799 года. Его тело было уложено в свинцовый гроб, перевезено и Рим и похоронено в феврале 1802 года.
Узнав о кончине Пия VI, Наполеон Бонапарт написал: «Папа скончался. Древняя церковная машина разваливается сама собой». Как и все известные истории великие диктаторы, он твердо верил, что созданная им империя переживет его на долгие века, чего, однако, не случилось. Между тем империя церкви, которую он полагал разваливающейся, его пережила. Но прежде ей суждено было пережить моменты тяжелые и ужасные.
Третьего октября 1799 года кардинал Джованни Франческо Альбани, удалившийся вместе с прочими кардиналами в Венецию, которая в то время входила в Австрийскую империю, решает 8 декабря созвать конклав. Голосования идут беспрерывно, но никто из предлагаемых кандидатов не может набрать необходимых для восшествия на престол святого Петра двух третей голосов.