Папа Иннокентий X скончался 7 января 1655 года в возрасте восьмидесяти одного года. Его тело в течение нескольких часов было выставлено в базилике Святого Петра, но так как никто не знал, что с ним делать, его перенесли в темное помещение, в котором рабочие хранили свои инструменты. Позднее ему приготовили скромную могилу в церкви Святой Инессы, на шумной площади Навоны. Со смертью Иннокентия X пришел конец и понтификату Контрреформации.
И опять сильным мира сего в Европе пришлось решать, кто станет новым папой и будет управлять католической церковью. Наибольшие шансы были у кардинала Саккети, одного из великих недругов Священного Альянса, который он называл «орудием дьявола, способным лишь на то, чтобы творить зло, пребывая во мраке». Саккети открыто выражал свое неудовольствие церковным аппаратом, столь могущественным, что даже сами папы не могли держать его под контролем, и был настроен покончить со шпионажем, чего бы это ни стоило. Именно эта его позиция, возможно, и не позволила ему стать преемником Иннокентия X.
Кардинал Фабио Киджи, стоявший во главе Священного Альянса с 1651 года, не желал упразднения агентурной службы, которая стоила стольких жизней. И он решается начать опасную интригу, состоящую в том, чтобы уведомить Филиппа IV Испанского об открыто профранцузской деятельности кардинала Саккети и о его возможной дружбе с Мазарини. Получив такие сведения, испанский монарх решает наложить вето на избрание Саккети и поддержать в качестве возможного преемника Иннокентия X верного Киджи. И вот 7 апреля 1655 года, после Четырех месячного конклава, кардинал Фабио Киджи был, наконец, избран новым папой и принял имя Александр VII.
Его понтификат оказался отмечен десятками заговоров и открытыми столкновениями с Францией, отчасти по причине ослабления папских областей в результате подписания бесславного Вестфальского мира в 1648 году.
Александр VII был человеком с ярко выраженными дипломатическими способностями. Вместо кумовства, которое практиковали его предшественники, этот папа предпочитал после консультаций с теми, кто хорошо разбирался в данном конкретном вопросе, принимать решения самостоятельно.
В качестве первейшей меры новый папа решил реформировать всю Римскую курию, включая и секретные службы. Эта мера должна была задеть Олимпию Майдалькини, которая продолжала держать в своих руках «Черный Орден». Тогда папа заставил Майдалькини вернуть руководство этой покрытой завесой тайны организацией Священному Альянсу, распустить «Черный Орден», подчиниться новому понтифику и, наконец, оставить политическую арену в обмен на весьма солидную сумму денег.
Абсолютно послушная папе Александру VII, хотя все еще могущественная Олимпия Майдалькини приняла все его условия и удалилась в свою римскую резиденцию, где и провела остаток дней вплоть до своей смерти в 1657 году в возрасте семидесяти четырех лет. С ее уходом заканчивался один из самых темных, но и самых интересных этапов в истории разведки Ватикана. Теперь руководство Священным Альянсом перешло в руки кардинала Коррадо, который, кроме того, стал одним из основателей Конгрегации Непогрешимости.
Кардинал Коррадо не обладал опытом в делах политических, не говоря уже о таких вещах, как интриги, — достоинством, необходимым для того, чтобы руководить столь могущественной организацией, как Священный Альянс. Его больше интересовало изучение вопросов религии, чем вещи мирские вроде управления агентурной сетью, хотя эта сеть и была призвана стоять на страже интересов папы и католической церкви в Европе, которая настраивалась все более воинственно по отношению к папским областям.
Отношения между Римом и Парижем переживали не лучшие времена. Франция не смогла одержать победу над Испанией, а ситуация внутри страны продолжала оставаться нестабильной после последней Фронды. Мазарини становился все слабее, но рядом с ним, как новый сильный человек Франции, возвышался Фуке, министр финансов. Он был еще более амбициозен и жаден, чем его предшественники, Мазарини и Ришелье. Улицы столицы страдали от беспорядков на религиозной почве, спровоцированных янсенистами, которые требовали католической реформы, что уже начинало оказывать воздействие на правительство и корону. Англо-французский мирный договор, подписанный в 1655 году с Оливером Кромвелем, лордом-протектором Англии, дал Мазарини новые силы для продолжения войны с Испанией. Переход в руки англичан испанских плацдармов в Дюнкерке и на далекой Ямайке заставил короля Филиппа IV пойти на заключение мира.
Переговоры, спланированные королевой Анной Австрийской и кардиналом Мазарини, привели к рассмотрению возможности брачного союза между молодым королем Людовиком XIV и дочерью Филиппа IV Марией Терезой. Папа Александр VII и его советник кардинал Сфорца Паллавичино благословляли этот союз. Паллавичино, прекратившийся теперь в одного из самых близких советников папы и даже вырвавший у кардинала Коррадо командование Священным Альянсом, видел в этом династическом браке возможность умерить воинственность Франции по отношению к ослабевшим папским областям.
Брак, заключенный в 1658 году, открыл дорогу к под писанию 7 ноября 1659 года на испано-французской границе Пиренейского мира. В документе, в который и папа Александр VII внес свою лепту, Франция делала много уступок.
Конде, глава Фронды, получал обратно все свои владения. Французские войска выводились из Каталонии, а также из многих других областей, снова переходивших под власть Испании. Португалия, хотя она и смогла сохранить независимость, была принесена в жертву Франции. Владения Испании в Италии и Франш-Конде в Бургундии остались нетронутыми. Хотя было совершенно очевидно, что Пиренейский мир, как и мир Вестфальский, был заключен по причине полного изнеможения сторон, Франция являла себя на фоне все более слабнувшей мощи Испании как новая европейская сила.
9 марта 1661 года умер кардинал Мазарини. С его смертью началась эпоха абсолютной монархической власти Людовика XIV и вместе с ней абсолютного господства Франции во всей Европе.
Все это время папа Александр VII оставался лишь пассивным наблюдателем событий, которые происходили в растревоженной Европе. Меньше всего на свете римский понтифик желал смены настроения своей могучей соседки — Франции, но некая таинственная рука готова была сделать так, чтобы эти настроения изменились в самую опасную сторону.
Два очень серьезных инцидента едва не спровоцировали открытую войну между Людовиком XIV и папой Александром VII. Первый инцидент произошел 11 июня 1662 года, когда новый посланник Франции в Риме, герцог де Креки, попытался прийти на прием к понтифику в сопровождении двух сотен вооруженных гвардейцев.
Креки считал, что папа должен был воздать ему почести представителю Людовика XIV, но папа придерживался но этому поводу иного мнения. Кардинал Паллавичино приказал корсиканской гвардии выстроиться у входа в резиденцию папы и ни в коем случае не допустить проникновения вооруженных людей в покои понтифика. Тогда посланник де Креки подал протест государственному секретарю кардиналу Роспильози и сообщил о нанесенной ему как посланцу французской короны обиде Людовику XIV.
Второй инцидент имел место 20 августа 1662 года, когда четыре человека, по-видимому, агенты Священного Альянса, повздорили с тремя французскими дипломатами. То, что началось как обычная ссора, закончилось уличной дуэлью на шпагах невдалеке от дворца Фарнезе, где располагалась французская дипломатическая миссия. Звон шпаг в конце концов привлек внимание наряда папской корсиканской гвардии, который патрулировал окрестности, и наряда французских солдат, которые стояли на страже у здания французской миссии. Прибыв на место схватки, патрули обнаружили смертельно раненных двух французов и одного агента Священного Альянса. Остальных участников дуэли арестовали и отправили в карцер казарм корсиканской гвардии, преодолев сначала серьезное сопротивление со стороны французских солдат.