Комиссия первоначально проверяла показания, данные бывшим командующим 12-й Воздушной армией маршалом авиации С. А. Худяковым (настоящее имя – Арменак Ханферянц), арестованным еще в декабре 1945 года. Его обвиняли в шпионской связи с англичанами, в службе в дашнакском отряде в 1918 году и участии в расстреле 26 бакинских комиссаров, в проживании по фальшивым документам и в злоупотреблении служебным положением, выразившимся в незаконном присвоении трофейных ценностей в Германии и Маньчжурии… Примечательно, что ордер на арест маршала оформили лишь в марте 1946 года, а обвинение в измене Родине и злоупотреблении служебным положением предъявили 22 августа того же года. Арестован же он был в Чите еще 14 декабря 1945 года.
От Худякова были, среди прочих, взяты показания против Новикова. Худяков охотно показал, что командование ВВС принимало от наркомата авиапромышленности дефектные самолеты и моторы. Самому Сергею Александровичу это преступление все равно не инкриминировалось, и он надеялся, что помощь следствию ему зачтется. Тем не менее расстрела избежать Худякову не удалось. Его казнили 18 апреля 1950 года, а реабилитировали в августе 1954 года. Возможно, Сталин хотел использовать дело Худякова-Ханферянца против Анастаса Микояна, который также был одним из руководителей Бакинской коммуны в 1918 году, но счастливо избежал расстрела. При желании можно было бы пристегнуть и Берию, который тогда служил секретарем Бакинского Совета. Однако Берию в тот момент Сталин убирать явно не собирался. Да и с Микояном решил погодить. Так что Худякова судили и расстреляли в одиночку.
Но вернемся к делу авиаторов. В марте – апреле 1946-го были арестованы Шахурин, Репин, Селезнев, Шиманов, Будников и Григорян. В ночь с 22 на 23 апреля арестовали маршала Новикова.
В ходе следствия было установлено, что нарком Шахурин и другие работники наркомата в погоне за плановыми показателями, стремясь к перевыполнению плана, запускали в серийное производство самолеты и моторы, имевшие серьезные конструктивные недоделки.
По вине Шахурина запускались в серию самолеты и моторы, не прошедшие государственных и войсковых испытаний.
По негласной договоренности с Шахуриным главнокомандующий ВВС главный маршал авиации Новиков, стремясь быстрее пополнить потери боевой техники, принимал на вооружение бракованную технику.
По делу авиаторов были арестованы: народный комиссар авиационной промышленности генерал-полковник инженерно-авиационной службы Шахурин, командующий ВВС Красной Армии главный маршал авиации Новиков, заместитель командующего ВВС, главный инженер ВВС и начальник научно-испытательного института ВВС генерал-полковник инженерно-авиационной службы Репин, член Военного Совета ВВС генерал-полковник Шиманов, начальник Главного Управления заказов ВВС генерал-лейтенант инженерно-авиационной службы Селезнев, начальники отделов Управления кадров ЦК ВКП(б) Будников и Григорян. Последние по линии партийных органов непосредственно контролировали производство авиатехники.
В ходе следствия все обвиняемые дали признательные показания.
Нарком Шахурин, в частности, заявил: «Я признаю, что антигосударственная практика поставок Военно-Воздушным Силам дефектных самолетов и моторов действительно существовала. Она приводила к тому, что в серийное производство запускались самолеты и моторы с серьезными конструкторскими недоделками, которые при массовом выпуске продукции устранить не удавалось, вследствие чего процент поставок ВВС дефектной материальной части увеличивался».
Маршал Новиков сообщил следствию: «Между мной и Шахуриным существовала семейственность и круговая порука. Шахурин неоднократно сговаривался со мной о том, чтобы я принимал от него бракованные самолеты и моторы, и эти просьбы Шахурина я в большинстве случаев удовлетворял».
Репин тоже покаялся: «Я не только не вел должной борьбы за высокое качество поставляемой Народным Комиссариатом авиационной промышленности самолетов и моторов, но в силу существовавшей в руководстве Военно-Воздушных Сил и Народном Комиссариате авиационной промышленности круговой поруки, семейственности и моих близких отношений с Шахуриным способствовал последнему протаскивать на вооружение ВВС бракованную авиационную технику».
Селезнев показал: «В практике совместной работы между руководством Военно-Воздушных Сил и Народным Комиссариатом авиационной промышленности создалась атмосфера круговой поруки. Именно в этих условиях родилась антигосударственная практика, при которой Шахурин выпускал недостаточно качественные самолеты, а руководители ВВС в лице Новикова, Шиманова и особенно Репина и меня протаскивали бракованную продукцию авиационной промышленности на вооружение ВВС».
Следствием было установлено, в частности, что был принят на вооружение трижды не выдержавший государственные испытания истребитель «Як-9у» с мотором «ВК-107а». Шахурин счел, что будет достаточно заводского испытания опытного образца. При этом нарком отрапортовал правительству, что самолет «Як-9у» успешно выдержал испытания и показал скорость 680 км в час, тогда как на самом деле первые 16 самолетов, выпущенных заводом № 61, оказались совершенно непригодными к боевому использованию. До заявленной же скорости в 660 км/час самолет далеко не дотягивал.
В дальнейшем выяснилось, что у самолета «Як-9у» крылу не хватало прочности, что неизбежно влекло к авариям и катастрофам. Самолет не имел пылефильтров, что приводило к преждевременному износу и выходу мотора из строя. Машина не была оснащена радиомачтой, из-за чего почти вдвое уменьшался радиус действия связи. Кроме того, плохо вентилировалась кабина летчика, что приводило к повышению в ней температуры до 45 градусов, что затрудняло работу экипажа.
В 1944 году Шиманов и Селезнев выезжали на завод № 301, где военпредом было забраковано около 100 самолетов «Як-9у», и распорядились продолжать приемку самолетов, несмотря на ряд недоделок. В воинские части было направлено около 4000 бракованных самолетов. На 2267 самолетах «Як-9у», поступивших в ВВС, из-за конструктивных и производственных недоделок пришлось вообще запретить полеты. Допрошенный в качестве свидетеля начальник отдела технической эксплуатации 2-й воздушной армии инженер-подполковник Н.Б. Гребенников показал: «За период с апреля 1945 г. по март месяц с.г. включительно в частях 2-й воздушной армии эксплуатировались 113 самолетов «Як-9у» с мотором «ВК-107а». При эксплуатации из-за конструктивных недоработок и производственных дефектов имели по самолету – 179 случаев дефектов и отказов, из которых 170 случаев привели к невыходу в полет и 2 случая к поломке самолетов, по мотору – 31 случай дефектов и отказов, которые привели к двум авариям самолетов, преждевременной съемке 21 мотора, 8 невыходам в полет».
Шахурину также инкриминировалось то, что в 1943 году он запустил в серийное производство с крупными недоделками самолет «Як-3» с мотором «ВК-105 ПФ», не проходившим войсковых испытаний и не испытывавшимся на прочность, вследствие чего происходили аварии и катастрофы с человеческими жертвами.
Инженер-подполковник Жуков, начальник отдела эксплуатации и войскового ремонта 16-й воздушной армии, показал: «Крупными дефектами конструктивно-производственного порядка на самолетах «Як-3» явилось отставание верхней обшивки крыла. Подобные дефекты имели место на 40 % самолетов, имевшихся на вооружении в частях. Наличие таких дефектов у самолетов приводило к вскрытию обшивки в воздухе и неизбежно, в таких случаях, к аварии, поломкам, вынужденным посадкам и в ряде случаев катастрофам».