Едва появившись в Северном море, "Мольтке" 17 ноября 1917 г. направили на поддержку 2-й разведывательной группы, и он дошел до района северо– западнее Гельголанда. Однако боевых действий снова не произошло. После этого он ушел на текущий ремонт. 29 марта 1918 г. "Мольтке" с "Гинденбургом" и 4-й разведывательной группой использовались как прикрытие 14-й полуфлотилии тральщиков, постоянно тралящих британское минное поле . То же самое имело место и 19 апреля 1917 г., когда он, "Дерфлингер" и 4-я разведывательная группа использовались как прикрытие перехода во Фландрию четырех миноносцев 3-й флотилии.
23/24 апреля 1918 г. состоялся последний боевой поход кайзеровского флота Открытого моря. Флот пошел далеко на север, пытаясь выйти на маршрут конвоев из Великобритании в Норвегию. При этой неудачной попытке разгромить английский конвой, следовавший в Норвегию, "Мольтке" в составе 1-й разведывательной группы находился в 60 милях севернее острова Гросс, когда в 6 ч. 10 м. 24 апреля на нем произошла тяжелая авария турбинной установки, наиболее крупная на флоте за всю войну (по другим данным, корабль подорвался на британской мине к западу от Ставангера).
С правого внутреннего вала сорвало винт. Турбина правого борта, вследствие потери винта, непроизвольно увеличила обороты выше допустимых, и, прежде чем регулятор остановил подачу пара, оторвался зубчатый агрегат устройства проворачивания турбины. Он пробил выходящую за борт трубу подачи холодной воды охлаждения вспомогательного конденсатора и несколько трубопроводов и панель главного распределительного щита в отделении управления. В корпус корабля поступило 1600 т воды.
Машинное отделение правого борта наполнилось паром от пробоины во вспомогательном конденсаторе, много воды поступило в машинное отделение. "Мольтке" осел на корму. В конце концов водолазу удалось закрыть кингстон конденсатора в днище корабля и таким образом предотвратить дальнейшее затопление. Хотя воду из помещений откачали, она все же засолила котлы, выведя турбины из строя, и "Мольтке" остановился.
"Мольтке" в Скапа Флоу. Ноябрь 1918 г.
В 10 ч.38 м. 24 апреля легкий крейсер "Страссбург" пытался взять на буксир аварийный корабль. Однако буксирные тросы постоянно рвались. Наконец на горизонте появился остров Гросс. В 11 ч.13 м. линкор "Ольденбург" взял "Мольтке" на буксир, и буксировка продолжалась под аплодисменты гарнизона острова. Несмотря на неоднократные обрывы буксировочных концов, скорость буксировки удавалось поддерживать в пределах 12-13 узлов. Эскадренные миноносцы V-44 и V-45 осуществляли противолодочное охранение. В 20 ч.42 м. буксирные тросы опять оборвались, но их завели вновь.
В 6 ч.30 м. 25 апреля 1918 г.в Немецкой бухте к буксировке подключились тральщики 3-й полуфлотилии.
В 12 ч.09 м. с линкора "Ольденбург" обнаружили британскую подводную лодку, и в этот момент тральщик М– 67 подорвался на мине. Наконец в 16 ч,53 м. котлы на "Мольтке" дали пар в турбины левого борта, и корабль смог дать малый ход. В 17 ч.40 м. машины "Мольтке" были уже достаточно отремонтированы, чтобы обеспечить ему скорость 12-13 узлов.
В 19 ч.ОЗ м. с линкора "Ольденбург" снова сообщили об обнаружении британской подводной лодки (была замечена идущая по поверхности воды торпеда). "Мольтке" пытался уйти из опасного района, однако в 19 ч.37 м. в 40 милях к северу от Гельголанда линейный крейсер был атакован английской подводной лодкой Е– 42 и одна 457-мм торпеда попала в корабль в районе машинного отделения. С "Мольтке" на удалении 500 м обнаружили идущую на него торпеду, от которой уже нельзя было уклониться.
Она попала в район машинного отделения левого борта. Через эту пробоину внутрь поступило 1 760 т воды, после чего скорость корабля снова уменьшилась до 3,5-4 узлов. Однако "Мольтке" смог самостоятельно продолжить движение и обстрелять предполагаемую позицию подводной лодки Е-42. К противолодочному охранению корабля были привлечены еще несколько миноносцев и тральщиков.
В 21 ч.30 м. к бортам крейсера подошли два буксира. 26 апреля 1918 г. в 1 ч.00 м. подошли ещё два буксира, и они без происшествий со скоростью буксировки 3,5 – 4 узла смогли войти в Вильгельмсхафен. В 8 ч,56 м.’’Мольтке" встал на якорь на рейде, и после полудня его отбуксировали на Государственную верфь, где с 30 апреля до 9 сентября (за 130 дней) на нем был произведен ремонт. На это время численность экипажа уменьшили. Старший офицер корабля корветен-капитан Хюман за отлично организованную службу по спасению корабля был особо отмечен наградой командованием флота.
После непродолжительной боевой подготовки в Балтийском море, проведенной с 19 сентября по 3 октября 1918 г., "Мольтке" с конца октября снова был готов к проведению запланированных, но уже не проведенных в жизнь боевых операций. Поскольку "Гинденбург", флагманский корабль нового командующего 1-й разведывательной группой, должен был идти на ремонт, 11 ноября 1918 г. контр-адмирал фон Рейтер со своим штабом перешел на "Мольтке".
Согласно условиям перемирия, "Мольтке" вошел в число передаваемых для интернирования кораблей кайзеровского военно-морского флота. 19 ноября 1918 г. он в составе "передаваемого соединения" вышел из Вильгельмсхафена. Командующий 1-й разведывательной группой был назначен командиром "передаваемого соединения" и в тот же день перенес свой флаг с "Мольтке" на линкор "Фридрих-дер-Гроссе".
Последний командир "Мольтке" капитан 1-го ранга Гугас 24 ноября 1918 г. привел свой корабль в бухту Скапа-Флоу и поставил его на якорь западнее острова Кава. Там 21 июня 1919 г. экипаж "Мольтке" открыл кингстоны, и в 13 ч. 10 м. он опрокинулся вверх килем, затонул и лег на глубине 24 м с креном 17° на правый борт.
За подъём "Мольтке" взялся англичанин Эрнест Френк Кокс, образовав небольшую частную компанию по подъёму затопленных в бухте Скапа Флоу кораблей кайзеровского флота, которые он купил у британского правительства.Теоретически положение корабля вверх килем облегчало его подъём. Неповрежденную днищевую часть корпуса легче было загерметизировать. Для этого требовалось лишь закрыть кингстоны, открытые при потоплении. Сначала днище очистили от водорослей, затем стали заделывать кингстоны. Отверстия небольшего диаметра забивали деревянными пробками, а более крупные заливали смесью твердеющего под водой цемента и песка.
Корпус линейного крейсера "Мольтке" в доке во время разборки. 1928-1929 гг.