Трудности в изгнании большевиков заключались, прежде всего, в преодолении больших пространств, а не в вооруженном сопротивлении «красных» частей, разделенных на пять мелких и небоеспособных революционных армий. Отдельные частные столкновения происходили только на железнодорожных магистралях или вблизи них. Практически продолжалась «эшелонная война», только на этот раз страдали от нее уже «красные».
К 12 марта немцы заняли Жмеринку, Черкассы, Золотоношу, Чернигов, грозя окружением армии Муравьева, что находилась у Одессы. В планы немцев входило отрезать «красных» на Украине от России и, сбив к центру Украины, уничтожить. Муравьев, бросив войско на произвол судьбы, бежал в Москву, а командование 1, 2 и 3-й «армиями» «красных» принял на себя Егоров. Эти «армии» обороняли подступы к новой «столице» Советской Украины — Екатеринославу.
Бои для войск республиканцев — Запорожской дивизии — начались со столкновений с большевиками за станции Яготин, Гребинка, Лубны 8—16 марта, но теперь уже без участия Симона Петлюры и его гайдамаков. Гайдамаков (без Петлюры) присоединили к украинским войскам только в конце марта, когда фронт подошел к Харькову.
27 марта немецкая центральная колонна вместе с Запорожской дивизией ворвалась в Полтаву. Петлюра тогда переживал, что он не может участвовать в освобождении родного города и что он не в «военном деле». От Полтавы одна часть немецко-украинской колонны двинулась на Харьков и станцию Лозовая.
В это же время австрийские войска (25 и 27-й корпуса) захватывают Винницу, Одессу, Тирасполь, Николаев, Херсон и выдвигаются в тыл Екатеринославщины.
Северная колонна немцев (27-й корпус) в это время двигалась на Бахмач, Ворожбу. Южная колонна немцев (22-й корпус) рвалась к Знаменке—Екатеринославу (последний был захвачен 2 апреля). Для борьбы на востоке Украины и в Донбассе выдвигался 1-й резервный германский корпус, а на Крым наступала отдельная группа из 5 германских дивизий. 6 апреля немецкие и украинские войска выгоняют «красных» из Харькова, после чего немцы двинулись на границу с Россией, на Купянск и Белгород. 8 апреля они выходят к западным границам России. Украинская группа войск Петрива—Сикевича, куда влились гайдамаки, захватив 8 апреля Лозовую, двинулись в Донбасс. Уже 21 апреля правительство Советской Украины выехало из Таганрога в Москву, решив прекратить борьбу, а ЦИК Советской Украины самораспустился.
К середине апреля 1918 года Запорожская дивизия состояла уже из 20 тысяч штыков и сабель, у нее на вооружении было 5 бронепоездов, 12 броневиков, 64 пушки, 4 самолета. Примерно к 29 апреля вся территория Украины была освобождена от большевистских войск. Только в Восточном Донбассе еще 2—3 дня войска Советов оказывали вялое сопротивление.
В середине апреля 1918 года Центральная Рада и Совет министров УНР хотя и считали себя высшей властью на Украине, но практически уже не контролировали внутреннее положение в стране. Провинциальная администрация была разогнана большевиками, а та, которая еще оставалась верной УНР, утратила всякую связь с Киевом и оказалась полностью под влиянием австро-немецкого военного командования.
В то же время был утвержден полностью социалистический закон о денежных реквизициях у богатых и торговых классов в городах Украины. Еще два месяца назад, критикуя большевиков за реквизиции, деятели Центральной Рады не ведали того, что сами прибегнут к такой чрезвычайной мере. Наибольшую реквизицию наложили на Харьков — 50 миллионов рублей и Одессу — 40 миллионов рублей. Киев должен был собрать 35 миллионов рублей, Екатеринослав — 20 миллионов.
Уже с 5 марта в Совет министров УНР и в Центральную Раду начинают поступать жалобы на действия австрийских и немецких военных на Украине. Хотя военный договор с Австрией не был одобрен ни Центральной Радой, ни Советом министров УНР, министры-эсеры оправдывались тем, что австро-венгерские войска не были приглашены в Украину, а Австрии лишь предлагалось направить в Украину части из украинцев — галичан. Но вместе с галичанами — легионом Украинских сечевых стрельцов — в Украину вступили австрийские, польские и венгерские части австрийской армии, что «отличились» насилием над крестьянами, самосудами, реквизициями. Командование иностранных армий требовало восстановления частной собственности на землю и поддерживало помещиков в их желании вернуть себе поместья на Украине. Хлеборобская партия Полтавщины, Союз земельных собственников и буржуазные круги также настаивали на изменении закона Центральной Рады о социализации земли.
В то же время министр Жуковский заявил, что присутствие войск Германии на Левобережной Украине просто необходимо в ходе борьбы с большевиками. А Голубович еще убеждал в том, что «приход немцев — это просто бескорыстная помощь дружеской державы». Поэтому, несмотря на многочисленные протесты, 17 марта 1918 года Малая Рада ратифицировала мирный договор с немецким блоком, не ведая того, что сама подписала себе смертный приговор.
Тайно австрийцы и немцы поделили земли Украины между собой на зоны оккупации. Австрии достались Подольская, Херсонская, Екатеринославская губернии, Германии — все остальные земли Украины. Уже через неделю после ратификации немцы стали настырно требовать от Украины ускоренной поставки продовольственных товаров в качестве компенсации за военную помощь. Но Украина могла предоставить только 30 процентов от искомого. Тогда немцы и австрийцы стали применять открытые реквизиции, выдавая крестьянам вместо денег квитанции за захваченные продукты. А «паны»-министры снова оправдывались, заявляя, что ранее не было оговорено точной цифры поставок с Украины, и Украина может поставить только 60 миллионов пудов хлеба, с авансом и твердой оплатой.
Командующий немецкой армией фон Эйхгорн, игнорируя украинское правительство и не веря в своевременные поставки, издал приказ об ускоренном засеве полей в Украине, контроле над урожаем и об установлении твердых цен на продовольствие, что было вопиющим вмешательством в экономическую независимость УНР. 18 марта, через день после ратификации Центральной Радой мирного договора, была издана директива, по которой немецкие военные командиры могли издавать любые приказы по охране спокойствия в крае и обеспечению безопасности военных. Центральная Рада «сделала свое дело» и, по мнению немцев, уже «могла удалиться».
13 апреля министр земледелия Украины заявил, что в таких условиях не может управлять министерством и в знак протеста против немецкого «нажима» подал в отставку. Центральная Рада тогда же постановила, что любое вмешательство военного командования недопустимо и передала ноту протеста в Берлин... Но это уже был «глас вопиющего в пустыне». Германия и Австрия стремились выстоять в войне с «помощью» украинского хлеба и сала.
В Центральную Раду поступили заявления и о самочинных казнях мирных жителей Украины, которые проводились военно-полевыми судами немецких и австрийских войск. Так, в Николаеве и Одессе было казнено несколько человек, на Подолье арестованы члены крестьянских земельных комитетов. Протесты Центральной Рады против действий иностранных войск привели к изданию циркуляра министерством внутренних дел УНР, в котором указывалось, что военно-полевые суды немцев и австрийцев не имеют силы над гражданами УНР и граждане Украины призывались не помогать и не исполнять указаний военно-полевых немецко-австрийских судов.