«Наука и промышленность — вот тут мои мечты!» — писал Менделеев. В 1863 году он приступает к изучению нефтяного дела в Баку, и на протяжении многих лет разрабатывает вопрос о происхождении нефти, в результате чего выдвигает оригинальную теорию неорганического образования нефти через карбиды металлов. Изучая условия добычи и химической переработки нефти, Дмитрий Иванович Менделеев намечает перспективы развития кавказской нефтяной промышленности, страстно пропагандирует необходимость всемерного развития добычи и химической переработки нефти. Именно Менделеев предложил устройство нефтепроводов из Баку к Черному морю, которое было реализовано лишь после его смерти. Для морской и речной транспортировки нефти он предложил применение нефтеналивных судов, позже также вошедших в практику.
Менделеев также основательно изучает каменноугольную промышленность: едет в Донецкий бассейн, предлагает срочно строить новые железные дороги, сделать судоходным Донец, развить в Донецком бассейне железную промышленность. Он издает свои исполненные энтузиазма труды «Будущая сила, покоящаяся на берегах Донца», «Мировое значение каменного угля в Донецком бассейне» и другие, пропагандируя неотложную необходимость энергетического и химического использования углей Донецкого бассейна и многочисленных других месторождений России, в том числе подмосковных, кузнецких, алтайских, якутских, кавказских и других.
В 1863 году Дмитрия Ивановича Менделеева назначают профессором Петербургского практического технологического института, а с 1866 года — Петербургского университета. Там он читает лекции по органической, неорганической и технической химии. Также Дмитрий Иванович преподавал и в других учебных заведениях — в частности, на Владимирских женских курсах, принимал активное участие в организации известных Бестужевских женских курсов.
В 1865 году Менделеев после защиты диссертации на тему «О соединениях спирта с водой» получает степень доктора химии.
1869 год становится судьбоносным в жизни ученого — он открывает периодический закон, выпустив знаменитый труд «Основы химии», выдержавший затем многочисленные переиздания на русском, английском, немецком, французском и других языках.
Этот закон показал, что все химические элементы закономерно связаны между собой, и если их расположить в последовательности возрастания атомного веса каждого, то они периодически, через правильные промежутки, проявляют сходные свойства. Таким образом впервые было доказано, что все многообразие химических элементов и их соединений в природе представляет собой стройную систему, где свойства элементов напрямую зависят от их атомного веса. Уже известные на время работы Д. И. Менделеева 64 химических элемента он расположил в виде таблицы, которая и была названа в честь ее автора — таблицей Менделеева.
Но при выборах в Российскую Академию наук в 1880 году сказалась борьба реакционной, так называемой «немецкой школы» за ведущее место в академии, и Менделеев был забаллотирован, академиком избран посредственный химик Бейльштейн, что вызвало многочисленные протесты со стороны общественных и научных кругов России.
В 1870–1890-х годах Д. И. Менделеев изучает нефтяные, каменноугольные и железные месторождения в России, а также Пенсильванские нефтяные залежи в Америке. Детально изучив сырьевую и топливную базы России, он публикует ряд технико-экономических исследований и статей о необходимости подъема отечественной каменноугольной, нефтяной и металлургической промышленности, а также планирует многочисленные и смелые мероприятия по скорейшей реализации своих проектов.
Заинтересовавшись железорудной промышленностью Урала, он выезжает с магнитологами для сбора материалов о связи между местонахождением железной руды и магнитными аномалиями. Результатом командировки становится отчет «Уральская железная промышленность в 1899 г.», где Менделеев ставит проблему Кузнецкого бассейна и предлагает ряд экономических мероприятий для развития металлургии на востоке. А годом позже он уже выдвигает задачу «прямого получения железа и стали из руды, обходя чугун».
В это же время Менделеев проводит многочисленные исследования по сжимаемости газов и сопротивлению жидкостей, изучает растворы, занимается метеорологией и вопросами воздухоплавания.
Желая исследовать верхние слои атмосферы, в 1887 году Д. И. Менделеев, используя подъем воздушного шара для наблюдения солнечного затмения, поднимается один в небо и полностью выполняет программу исследования. В то время полет на воздушном шаре являлся очень опасным, но Дмитрий Иванович Менделеев проделал его без пилота, в последний момент перед подъемом попросив его остаться на земле — из-за дождя шар намок и не мог поднять двух пассажиров. Но на подобный риск ученый шел и в других случаях, когда дело касалось его любимой науки. За этот полет Д. И. Менделеев удостоился медали Французского общества воздухоплавания.
В том же 1887 году Менделеев впервые выдвинул идею подземной газификации каменного угля.
В 1890 году, после 23 лет преподавательской деятельности, Дмитрий Иванович вследствие конфликта с министром народного просвещения Деляновым, который отказался во время студенческих волнений принять переданную Менделеевым петицию студентов, вынужден был покинуть Петербургский университет.
Однако труды Менделеева получают широкое признание со стороны иностранных научных кругов: его приглашают в Лондон для прочтения Фарадеевской лекции, награждают многочисленными почетными званиями и медалями. Ученый был избран почетным членом Американской, Ирландской и Югославской академий наук, Дублинского королевского общества; действительным членом Лондонского королевского общества, Эдинбургского королевского общества; Римской, Бельгийской, Датской, Чешской, Краковской и других академий наук. Известные иностранные университеты — Кембриджский, Оксфордский, Геттингенский, Принстонский и другие — избирают его почетным доктором. Он становится также почетным членом нескольких десятков других иностранных обществ.
Оставив университет, Дмитрий Иванович уделяет внимание техническим и экономическим вопросам, ведя одновременно научную и большую литературную работу. Он пытается издавать газету под названием «Подъем» для освещения путей культурного и промышленного подъема России, но ему это запрещают. Менделеев активно участвует в издании Энциклопедического словаря Брокгауза и Ефрона, редактируя в нем химико-технический и промышленный отделы и выступая в качестве автора ряда статей. В 1898 году его назначают хранителем (управляющим) Главной палаты мер и весов — он с огромным энтузиазмом трудится на этом поприще, впервые организовав в этой сфере большую научно-исследовательскую работу.
В последние годы своей жизни Д. И. Менделеев выпустил «Заветные мысли» и ряд статей, в которых высказался о важнейших проблемах народного хозяйства и культуры. В 1906 году выходит его книга «К познанию России», содержащая многочисленные мысли ученого о путях дальнейшего развития отечественного народного хозяйства. Только в течение трех месяцев эта книга была переиздана несколько раз!
Целеустремленный, инициативный, обладающий огромной трудоспособностью и глубокими знаниями в самых разнообразных областях химии, физики, техники и других наук, человек-энциклопедия, человек-гений полностью отдавал себя служению своей родине и ее народу. В своих многочисленных работах он представлял полную смелых замыслов программу использования природных богатств и индустриализации России, поэтому с полным правом может быть назван отцом химизации ее промышленности и сельского хозяйства.