—Признание Польтро, сделанное под пытками, было клеветническим.
Несмотря на то, что Анна д’Эсте и семья Гизов не отказались от своего желания отомстить адмиралу, официальное рассмотрение этого вопроса было отложено королём, поскольку Екатерина желала прекращения военных действий. Но как только было объявлено о совершеннолетии Карла IX, мать и вдова покойного герцога де Гиза снова предстали перед королём в длинных чёрных одеждах. За ними последовали дети Франциска с воплями и стонами, а также все родственники и друзья семьи, одетые в траур. Две герцогини бросились к ногам короля, крича:
—Справедливость!
Хотя они не произносили имени адмирала, все знали, что именно в отношении него члены семьи покойного герцога Гиза взывала к мести закона. Король сначала пообещал им «правосудие» и согласился, чтобы парламент Парижа рассмотрел этот вопрос, но кардинал де Шатийон, единственный из трёх братьев, находившихся в то время при дворе, выступил с протестом против суда над Колиньи, зная о пристрастности судей в отношении гугенотов. Тогда Карл IХ распорядился приостановить принятие решения на три года.
Со времени убийства её мужа в Анне д’Эсте произошли большие перемены, и она стала враждебно относиться к Реформации. Придворные дамы-католички считали её своим лидером, что заставило Кальвина пожаловаться на неё Рене:
—…мадам де Гиз выбирает путь, который может привести её в замешательство, если она будет упорствовать, ибо, хотя она и не думает об этом, она стремится разрушить гонимую церковь Франции, которой Бог будет защитником и поддержит это дело. Я… очень желаю, чтобы Ваш авторитет побудил её умерить свои страсти, которым она повинуется, сражаясь против Бога.
Таким образом, Рене пришлось столкнуться с недовольством не только королевского двора и католиков, но и видных гугенотов.
В письме, датированном 1563 годом, она отвечает женевскому реформатору:
—…в то время, когда я готовилась вернуться ко двору в Фонтенбло… мне запретили проповедовать там… и не только в доме короля… но и в том, который я купила… в деревне, который я всегда одалживала и посвящала для этой цели, даже когда меня не было при дворе… Теперь, что касается моих подданных, прошло много времени с тех пор, как я начала (работу), и сейчас я стремлюсь завершить её, если так будет угодно Богу, а что касается членов моей собственной семьи, то в каждом человеке есть… хорошее, на которое Вы должны полагаться в будущем…
Затем герцогиня пожаловалась на Кулонжа:
—Он на кухне ударил больного старика, который не принял нашу религию. Ещё (Кулонж) вводил (в замок) и выводил тех, кого считал нужным…
В конце письма она благодарит Кальвина за новогодний подарок — медаль, отчеканенную её отцом, Людовиком ХII, со знаменитым девизом «Perdam Babylonis nomen» («Я уничтожу имя Вавилона»).
Испанский посол Шантонне доносил королю Филиппу II в начале 1564 года:
—Герцогиня Феррарская покинула двор, что действительно является очень заметным событием, поскольку в её апартаментах ежедневно проводились молитвы и молебны.
Узнав о жалобах вдовы, Кулонж наябедничал своему патрону:
—Рене хочет участвовать в заседаниях Синода… Но если Павел считал, что женщины должны молчать в церкви, то тем более они не должны участвовать в принятии решений. Как будут паписты и анабаптисты издеваться, когда увидят нас, управляемых женщинами!
Судя по тому, что Кальвин не спешил отзывать Кулона, он был согласен с тем, что женщин не следует допускать к управлению Церковью. Между тем Рене не стеснялась высказывать своё негодование по поводу насилия, которое не только католики, но и гугеноты применяли к своим врагам, о чём 21 марта 1564 года написала в Женеву:
—…я сокрушаюсь, что Вы не знаете, как некоторые в этом королевстве себя ведут. Они даже нападают на простых женщин, убивают и душат их. Это противоречит заветам Христа. Я говорю это из великой любви, которую испытываю к реформированной религии…
Хотя в Синод Рене не допустили, но за свои решительные действия в поддержку протестантов она, в конце концов, удостоилась похвалы Кальвина, и одно из его последних писем на французском языке, отправленное со смертного одра, было адресовано ей. Духовный отец Рене скончался в Генуе 27 мая 1564 года. Не может быть никаких сомнений в том, что она искренне оплакивала тяжёлую утрату, которую тогда перенесла. Кальвин не только давал ей советы по некоторым практическим вопросам, но и его дружба, должно быть, была мощной поддержкой для принцессы в трудные времена. Теодор Беза тоже признавал долгую и тесную дружбу, существовавшую между реформатором и герцогиней.
В начале 1564 года началось большое путешествие двора, целью которого, по замыслу Екатерины Медичи, было «показать Франции короля, а королю — Францию». Кроме того, флорентийка хотела встретиться в Байонне со своим зятем Филиппом II, королём Испании (но тот не приехал, отправив вместо себя жену, Елизавету Валуа, и герцога Альбу). Возвращение планировалось не ранее мая 1566 года. Как раз в это время Рене узнала о том, что её старший сын направляется в Инсбрук, чтобы жениться на Барбаре Австрийской, восьмой дочери Фердинанда I, императора Священной Римской империи. Путь Альфонсо II лежал через Францию. Летом 1565 года он решил встретиться с Карлом IX, который как раз продвигался по южным провинциям своего королевства. Французский двор оказал герцогу Феррары радушный приём.
—Надеюсь, Вы поживёте у меня в замке?— предложила ему Рене, приехавшая повидать сына.
—Уж скорее, матушка, я поселюсь среди чумных, чем буду жить среди еретиков!— отрезал Альфонсо.
После чего деловито добавил:
—Вы должны потребовать у короля возвращения Вам наследства Ваших царственных родителей!
—Но ведь, согласно моему брачному контракту, я отказалась от этих владений, сын мой!
—Вас обманули! Поэтому Вы должны обратиться в королевский суд ради меня!
Однако Рене было что возразить сыну:
—А как же Ваши сёстры? Лукреция и Элеонора до сих пор не замужем, хотя Вы обещали мне позаботиться о них.
Герцог, не горевший желанием тратиться на приданое сестёр из-за того, что ему предстояли большие расходы на собственную свадьбу, сразу надулся:
—Но что я могу поделать, если для них нет достойных женихов?
—А сын герцога Урбино? Ведь он должен был жениться на Элеоноре.
—Да, но я был вынужден отказать Франческо делла Ровере в её руке. Ваш отъезд, матушка, так повлиял на мою младшую сестру, что её здоровье резко ухудшилось. Вы бы знали, сколько я потратил денег на её лечение грязями!
После слов сына Рене сразу ощутила угрызения совести:
—Хорошо, я попробую отсудить для Вас Бретань.
Все историки и летописцы согласны с тем, что двор Альфонсо II был очень весёлым и беззаботным. Турниры, охота, пиры и разнообразные празднества требовали значительных расходов. Герцог был душой всего этого веселья. В молодости при французском дворе он обучился борьбе, фехтованию и другим физическим упражнениям, любил охоту, рыбалку и плавание. А также вместе с сёстрами разделял любовь к музыке, пению и танцам. Антонио Фриззи, итальянский историк ХVIII века, утверждает в своей книге «Воспоминания в истории Феррары», что иностранцев удивляло при герцогском дворце большое количество учёных и музыкантов, причём певцов иногда вызывали даже из монастырей. Кроме музыки, придворные любили также литературные диспуты и театральные представления, декорации к которым изготавливали известные художники. Так, во время свадебных торжеств в честь брака Альфонсо II и Барбары Австрийской, заключённого 5 декабря 1565 года в Ферраре, был построен «Храм любви» и состоялся грандиозный турнир, который продлился до 9 декабря.