Несмотря на начальный успех, число самолетов Ме-410 постоянно сокращалось. Были они менее маневренны и не могли уйти от «Мустангов». Когда же в сентябре 1944 г. была начата «Jagernotprogramm», ограничивавшая выпуск двухмоторных истребителей, выпуск Ме-410 полностью прекратили. Всего в 1944 г. было выпущено 702 истребителя Ме-410, из которых 258 изготовили на заводе «Дорнье-Верке». За все время немецкая промышленность построила 1160 самолетов Ме-410 (не считая машин, переделанных из Ме-210).
Еще до завершения серийного выпуска и свертывания проектных работ над Ме-410 было построено несколько прототипов версии В. Это были:
– Торпедоносец Ме-410В-5. Самолет оснащался морским радаром FuG 200 «Hohentwiel» и был вооружен только двумя пушками MG 151/20E. Кроме того, самолет мог нести другие типы вооружения, например, бомботорпеды В Т. Чтобы увеличить радиус действия, самолет мог оснащаться дополнительными топливными баками, монтируемыми вместо кормовых пулеметов MG 131. Дополнительный бак емкостью 650 литров можно было установить в бомбоотсеке. Все наступательное вооружение самолета размещалось на внешней подвеске. Самолет мог нести две бомботорпеды ВТ-400 или четыре ВТ-200, подвешиваемые под центропланом. Вместо торпед самолет мог нести бомбу SC 1800 (при демонтированном 650-литровом баке), или одну торпеду LT 56 (900 кг), или одну торпеду LT 5 (800 кг).
– Ме-410B-5 также мог нести рикошетирующую бомбу «Rollbombe» SB 800 RS «Kurt», предназначенную для уничтожения гидротехнических сооружений, или бомбу SB 1000/410, оснащенную парашютом. Предусматривалась возможность вооружать самолеты Ме-410 планирующими торпедами L 10 «Friedensengel».
– Тяжелый истребитель Ме-410В-6, у которого курсовые пулеметы MG 17 калибра 7,92 мм были заменены на 13-мм пулеметы MG 131. Предусматривалась возможность установки двух 30-мм пушек МК 103 в бомбовом отсеке. Самолет мог быть вооружен морским радаром FuG 200 «Hohentwiel».
Существовали также проекты самолетов Ме-410В-7 и В-8 – дневных и ночных разведчиков. В-8 нес прожектора, смонтированные в оружейном отсеке. Оба варианта несли стандартное вооружение. Был построен только один прототип.
Командование люфтваффе настаивало на необходимости увеличения потолка самолета для борьбы с «Летающими крепостями». С этой целью на базе Ме-410В-2 начались работы над вариантом Ме-410Н, оснащенным двигателями DB 603G. Самолет получил прямоугольные консоли, при этом размах крыла достиг 22,99 м, а площадь крыльев – 46,5 кв. м. Самолет вооружили двумя 2-см пушками MG 151/20Е, двумя 30-мм пушками МК 108 и двумя 3-см пушками МК 103. Самолет мог брать 1100 кг бомб. Собственный вес самолета составлял 12 000 кг, а полный вес – 13 400 кг. У земли самолет развивал скорость 529 км/ч, а на высоте 6500 м – 629 км/ч.
Планировалось переделать самолеты Ме-410В в Ме-410Н, но программа была свернута прежде, чем успели подготовить соответствующую документацию. Всего было построено 1160 самолетов Ме-410. Из них 902 построили на заводах «Мессершмитт», а 258 штук – на заводах «Дорнье-Верке» в Оберпфаффендорфе.
Первые пять самолетов Ме-410 были приняты люфтваффе в январе 1943 г. В апреле было принято еще 48 машин. В апреле– мае 1943 г. старые Ме-210А-2 заменили на новые Ме-410A-1/U2 в II./ZG 1 «веспен» и 2.(F) /122.
Одной из первых частей, получивших Ме-410 в варианте тяжелого истребителя, стала Erprobungskommando 25 капитана Эдуарда Тратта. Эта часть базировалась в Виттмундхафене и предназначалась для тактических испытаний тяжелого авиационного вооружения, в том числе крупнокалиберных пушек и ракет. В сентябре 1943 г. капитан Тратт получил должность командира II./ZG 26 «Horst Wessel». Эта истребительная группа прикрывала территорию рейха от налетов союзнической авиации. Сначала группа дислоцировалась в Оберпфаффенхофене, а потом – в Кёнигсберге. Сам Тратт погиб 22 февраля 1944 г. в воздушном бою с американскими бомбардировщиками над Нордхаузеном. К моменту своей гибели Тратт одержал 39 воздушных побед.
Эскадрилья 5./KG 2 начала переходить с До-217 на Ме-410А-1 в апреле 1943 г. До 20 мая 1943 г. на вооружении II./KG 2 находилось 39 истребителей Ме-410 А-1 и 17 истребителей До-217E. Однако в июне самолеты передали в формируемую группу V./KG 2, которая должна была на практике опробовать Ме-410 в роли скоростного бомбардировщика. Группу сформировали на базе II./KG 40, 5./ KG 2, и, вероятно, KG 101. В январе 1944 г. V./KG 2 переименовали в II./KG 51. Совместно с I./KG 51 «Эдельвейс», уже перешедшей с Ю-88 на Ме-410А-1, группа начала налеты на Великобританию. Союзники назвали эту операцию «Baby blitz». Группа дислоцировалась на аэродроме Бовэ, во Франции.
Также во Франции в начале 1944 г. базировались разведывательные части, также оснащенные самолетами Ме-410. В их число входила 1.(F) /121, базировавшаяся на аэродроме Орли, а позднее – в Ису-Ле-Бю. Эскадрилья входила в состав Fernaufldaerungsgruppe 1. В состав этой же группы входила варшавская эскадрилья 2.(F) /122 и 3.(F) /122 с базой в Риге.
В мае 1943 г. самолеты Ме-410A-1/U2 поступили в III./ZG 1, находившуюся в Тунисе. Кроме того, Ме-410 поступили в 2.(F) /122, находившуюся в то время на Сардинии. Эта разведывательная эскадрилья имела на вооружении также самолеты Ю-88. 2 апреля около 15 самолетов Ме-410 из KG 51 участвовало в преследовании бомбардировщиков из 2-го дивизиона ВВС США. Вскоре после приземления самолетов на базе в Великобритании, немцы совершили налет на аэродром. Потеряв всего один Ме-410, немецкие летчики уничтожили на земле большое количество американских самолетов.
К концу 1943 г. завод в Аугсбурге выпустил 457 самолетов Ме-410. Первые самолеты, построенные Дорнье, были приняты люфтваффе в декабре 1943 г., следующие 11 машин приняли уже в январе 1944 г.
Первой потерей V./KG 2 стал Ме-410А-1 (U5+KG, пилот – фельдфебель Цвисслер, стрелок – старший сержант Райд), сбитый в ночь с 14 на 15 июля над Эссексом (район Феликсстоув). Самолет записал на свой счет лейтенант авиации Бантинг из 85-й эскадрильи («Москито» NF XII). Очередной Ме-410 из V./KG 2 был также сбит бомбардировщиком «Москито» из 85-й эскадрильи в районе Дюнкерка. Третий Ме-410 стал жертвой «Москито» из 256-й эскадрильи в районе Бичи-Хед. В начале 1943 г. в налетах союзников на немецкие объекты участвовало ограниченное количество самолетов. Летом интенсивность налетов значительно возросла и продолжала увеличиваться.
В результате немцам потребовалось гораздо больше истребителей для обороны своей территории. Необходимые машины поступали со сборочных конвейеров или снимались с фронта. Тяжелые двухмоторные истребители хорошо подходили для длительных боев с американскими четырехмоторными бомбардировщиками, неся при этом более тяжелое вооружение.
В сентябре 1943 г. II./ZG 26 «Horst Wessel» начала переоснащение. Старые Ме-210 заменяли на Ме-410A-2/U4. Пройдя переоснащение, группа вместе с ZG 76 противостояла американской 8-й воздушной армии. 16 марта 1944 г. отряд Ме-110 и Ме-410 атаковали крупную формацию американских бомбардировщиков (около 500 В-17 и 2000 В-24), бомбивших авиационные заводы на юге Германии. Истребители обстреляли американцев из пушек и ракетами, сбив 18 самолетов. Столь тяжелые потери американцев объяснялись тем, что немцы атаковали американские бомбардировщики в тот момент, когда истребители сопровождения поворачивали назад из-за недостаточного радиуса действия.